Phenikaa School có 2 hệ chương trình đào tạo riêng biệt là Hệ chương trình chất lượng cao và Hệ chương trình song ngữ. Hệ chương trình song ngữ Phenikaa được thực hiện từ lớp 1 đến lớp 12, trong đó nhiều môn học được giảng dạy bằng tiếng Việt và tiếng Anh.
Theo đặc thù của từng cấp học, số môn học song ngữ được đưa vào sẽ tăng dần theo hướng tập trung vào các môn khoa học tự nhiên và công nghệ (Toán, Khoa học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, CNTT) nhằm giúp học sinh được tiếp cận với chương trình quốc tế, nâng cao khả năng tiếng Anh chuyên ngành, hỗ trợ cho các hoạt động học theo chủ đề, tích hợp STEM và thực hành sáng tạo trong không gian Makerspace của trường.
Các môn học bằng tiếng Anh trong chương trình song ngữ Phenikaa chiếm thời lượng 14-16 tiết/tuần, được giảng dạy bởi giáo viên nước ngoài và các giáo viên tuyển chọn của hệ thống giáo dục Phenikaa. Các em học sinh theo học hệ này sẽ có nền tảng kiến thức và tiếng Anh để thi các chứng chỉ quốc tế, ứng tuyển vào các trường phổ thông và đại học trên thế giới.