Phenikaa School có 2 hệ chương trình đào tạo riêng biệt là Hệ chương trình chất lượng cao và Hệ chương trình song ngữ. Hệ chương trình song ngữ được thực hiện từ lớp 1 đến lớp 12, trong đó nhiều môn học được giảng dạy bằng tiếng Việt và tiếng Anh. Chương trình các môn học song ngữ được tích hợp giữa chương trình của Bộ GD&ĐT với chương trình theo chuẩn giáo dục khoa học thế hệ mới của Mỹ (Next Generation Science Standards – NGSS).
Theo đặc thù của từng cấp học, số môn học song ngữ được đưa vào sẽ tăng dần theo hướng tập trung vào các môn khoa học tự nhiên và công nghệ (Toán, Khoa học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, CNTT) nhằm giúp học sinh được tiếp cận với chương trình tiên tiến của thế giới, nâng cao khả năng tiếng Anh chuyên ngành, hỗ trợ cho các hoạt động dạy học theo chủ đề, tích hợp STEM và thực hành sáng tạo trong không gian Makerspace của trường.
Các môn học bằng tiếng Anh trong chương trình song ngữ chiếm thời lượng 16-18 tiết/tuần, được giảng dạy bởi giáo viên bản ngữ và các giáo viên của hệ thống giáo dục Phenikaa đào tạo ở nước ngoài. Các em học sinh theo học hệ này sẽ có nền tảng kiến thức và tiếng Anh để thi các chứng chỉ quốc tế, ứng tuyển vào các trường phổ thông và đại học trên thế giới.