Với mục tiêu kiến tạo thế hệ trẻ Việt Nam ưu việt, Phenikaa School thiết kế chương trình phát triển kỹ năng thế kỷ 21 trong tiết học chính khoá (2 tiết/tuần) nhằm đào tạo những công dân có kỹ năng hội nhập toàn cầu, đồng thời chú trọng phát triển giáo dục đạo đức, nhân cách con người. Chương trình gồm 2 cấu phần chính: Giáo dục kỹ năng và giáo dục phẩm chất.
Chương trình phát triển kỹ năng của nhà trường không chỉ dừng lại ở 2 tiết học hàng tuần, với việc tiếp cận giáo dục STEM – học qua dự án, qua các chủ đề tích hợp liên môn, các em học sinh sẽ hình thành và xây dựng được các kỹ năng thế kỷ 21 như kỹ năng sáng tạo, làm việc cộng tác, kỹ năng thuyết trình, tư duy phản biện và giải quyết vấn đề.
Để có thể đưa được các bài học đạo đức và kỹ năng sống “thấm” vào hầu hết các hoạt động hàng ngày, thực tế cuộc sống, Phenikaa School chú trọng xây dựng môi trường văn hóa, thực hành, nơi toàn thể cán bộ giáo viên, nhân viên nhà trường cùng thực hiện với các em học sinh, thông qua phương pháp giáo dục “làm gương”. Các em học sinh lớp trên trở thành người dẫn dắt các em học sinh lớp dưới, tạo dựng môi trường rèn luyện, cộng tác, tôn trọng, chia sẻ và không ngừng học hỏi.
Ngoài ra trong chương trình, các em học sinh sẽ được tham gia trải nghiệm thực tế các hoạt động văn hoá – nghệ thuật, giao lưu với các đơn vị/ tổ chức xã hội… giúp các em học hỏi và hình thành các kỹ năng cảm xúc xã hội, thấu hiểu bản thân mình và những người xung quanh.